Pat Fitzgerald trở thành huấn luyện viên bóng đá trưởng của Đại học Northwestern University Wildcats vào năm 2006 sau khi Randy Walker, huấn luyện viên trưởng trước đó, qua đời. Trước khi đảm nhận nhiệm vụ huấn luyện trưởng, Pat từng là huấn luyện viên hậu vệ cánh cho Northwestern ở vị trí phòng ngự bóng bổng từ năm 2001-2005. Mặc dù có thành tích 0-2 trong các trận đấu bết bát sau mùa giải, Huấn luyện viên Fitzgerald đã đạt được một mức độ thành công khi dẫn dắt Wildcats đến một kỷ lục lớn hơn 500 (27-22) trong khi cạnh tranh trong Hội nghị Big Ten đầy thử thách.
Trước khi ký hợp đồng với Northwestern vào năm 2001 với tư cách là trợ lý huấn luyện viên, Fitzgerald đã huấn luyện các đội hậu vệ tại Đại học Maryland (1998), Đại học Colorado (1999) và Đại học Idaho (2000) trước khi gia nhập Northwestern Wildcats vào năm 2001. Northwestern ở nằm ở Evanston, Illinois, là một vùng ngoại ô giàu có ở bờ biển phía bắc Chicago trên Hồ Michigan. Đối với huấn luyện viên Fitzgerald, việc huấn luyện chuyển đến vùng đất Chicago là một sự trở về quê hương vì vị huấn luyện viên nổi tiếng này sinh ra ở vùng ngoại ô Orlando Park, phía tây nam Chicago và chơi bóng đá đại học của riêng mình cho Northwestern.
Trước khi Pat chuyển từ huấn luyện viên hậu vệ sang suất ngoại giao chelsea yên hòa huấn luyện viên trưởng, người tiền nhiệm của anh là một người tên là Randy Walker, người đã huấn luyện Wildcats từ năm 1999-2005. Huấn luyện viên Walker chịu trách nhiệm thuê người kế nhiệm cuối cùng của mình. Trong thời gian Walker phụ trách chương trình, đội của anh ấy đã đi 37-46 với năm tốt nhất của họ là mùa giải 2000 khi đội đi 8-4 và giành được một phần của danh hiệu Big Ten Conference trước khi bị đánh bại bởi Đại học Nebraska 66-17 trong Alamo Bowl ngày 30 tháng 12 năm 2000. Đáng buồn thay, HLV Walker đột ngột qua đời vì một cơn đau tim vào ngày 29 tháng 6 năm 2006 ở tuổi 52 còn khá trẻ.
Vào ngày 7 tháng 7 năm 2006, hơn một tuần kể từ cái chết gây sốc của Huấn luyện viên Randy Walker, Đại học Northwestern bổ nhiệm Pat Fitzgerald, trợ lý lâu năm của chương trình, làm huấn luyện viên trưởng mới. Vào thời điểm được công bố, Pat Fitzgerald mới 31 tuổi. Lúc đó Pat mới 31 tuổi là huấn luyện viên trưởng trẻ nhất của đội bóng Division-I hơn năm năm.
Khi còn trẻ, Pat là một cầu thủ nổi bật cho Northwestern Wildcats từ năm 1993-1996, nơi anh hai lần được vinh danh là Cầu thủ phòng ngự Big Ten của năm với tư cách là một hậu vệ. Sau khi tốt nghiệp, Fitzgerald đã xem xét một thời gian ngắn sự nghiệp NFL khi chơi cho Dallas Cowboys vào năm 1997 trước khi quyết định rằng công việc thực sự của anh ấy là huấn luyện viên.
Trong bốn năm nhiệm kỳ của mình, Pat Fitzgerald đang đưa Northwestern trở thành một đội bóng có liên quan trong Hội nghị Big Ten thường chỉ bị thống trị bởi những cái tên như Bang Ohio, Penn State và Đại học Iowa. Sau khi kế thừa một đội đã thắng 4-8 trong mùa giải đầu tiên của mình thông qua việc tuyển dụng hiệu quả, Huấn luyện viên Fitzgerald đã cải thiện chương trình thành kỷ lục 9-4 trong